经过长期的临床观察，绝大多数肛瘘不会发生癌变，但也有极少数长期不治疗的肛瘘可能发生癌变。有的肛瘘患者因为症状轻，无明显疼痛，忽视治疗，所以长达十年以上的肛瘘患者并不少见，多以偏远山区患者多见，加上卫生习惯不良，长期刺激瘘口，逐渐感染，癌变的可能逐步增加。

肛瘘癌变的原因比较多，但就常见的几点做以说明：

1长期慢性炎症刺激导致组织异形增生进而发生癌变;

2细菌感染，如结核菌或铜绿假单孢感染后长期不治疗也会癌变;

3多种药物长期刺激局部也可能癌变。