子宫内膜异位症基本上是个良性疾病，但还是有少数1%的病例会发生恶变。高危因素主要有：年龄大、巧囊大等。

临床上检查时主要监测：(1) 卵巢异位囊肿体积较大，超过10cm或短期内明显增大;(2)疼痛节律改变，痛经加重或出现持续性腹痛;(3)超声波﹑CT或核磁共振检查等发现卵巢囊肿内有实质性或乳头状结构，或病灶内血流丰富;(4) 血清CA125水平过高(大于200 IU/L)。医生在手术时也要仔细检查切除的囊肿壁内是否有乳头，怀疑有问题时可以送快速冰冻切片做病理检查。一旦确认恶变，则需按照卵巢癌的治疗原则处理，扩大手术范围并定期化疗。异位症患者一般建议手术后3个月，最少半年内复查一次。