外耳再造手术分三期进行，各期手术的主要并发症是不同的，但第二期手术会涉及到手术方案的主体外耳成型，因此二期手术风险最大。一期手术的主要并发症据一份报道证明，血肿、扩张器渗漏、感染、扩张器溃破是主要并发症，分别占62％、12％、10％、5％；一期手术并发症的总量占总体的74％。二期手术的主要并发症是移植物外漏、感染、移植物变形，分别占83％、9％、7％；占总量的19％。三期手术的主要并发症是外耳道变窄、植皮坏死，分别占65％、27％。