性早熟虽然对儿童身体健康无多大妨碍，但在性激素的刺激下随着骨骼生长的加速大多伴有骨龄提前，使骨骺端提前闭合，这些孩子暂时可能比同龄人长得高、长得快，但由于缩短了小儿发育前的一段宝贵的生长时间，随着发育的完成，生长也渐渐停止，因此其成人终身高往往是偏矮的，形成典型的“高儿童、矮成人”的发育曲线。有资料表明提前发育一年，终身高会比遗传身高矮5-6厘米。

另一方面，妇女的一生中，卵细胞储备在胎儿期已成定局，出生后不再增多。一般妇女一生中约排出400个成熟卵子。性早熟儿童由于月经初潮提前出现，其绝经期也可能提前到来，性腺功能与机体全身的生理代谢也将提前走向衰退。这是性早熟的远期危害。

另外儿童体格发育虽然发生巨大变化，但其心理认知能力和社会适应能力仍处于儿童时期，在精神发育和体格发育之间出现明显的不均衡，甚至发生意外。国外就有过7岁的“爸爸”、5岁的“妈妈”的报道，因此性早熟对社会、家庭和儿童有较大的危害。