检测自身抗体有利于RA与其他炎性关节炎如银屑病关节炎、反应性关节炎和退行性关节炎的鉴别。RA新的抗体不断被发现，其中有些抗体诊断的特异性较RF明显提高，且可在疾病早期出现，如抗环瓜氨酸肽（CCP）抗体，抗核周因子（APF）抗体、抗角蛋白抗体（AKA）以及抗Sa抗体等。

（1）类风湿因子可分为IgM、IgG和IgA型RF。在常规临床工作中主要检测IgM型RF，它见于约70％的患者血清，其滴度一般与本病的活动性和严重性呈比例。但RF并非RA的特异性抗体，甚至在5％的正常人也可以出现低滴度的RF，因此RF阳性者必须结合临床表现，方能诊断本病。

（2）抗角蛋白抗体谱有抗核周因子（APF）抗体、抗角蛋白抗体（AKA）、抗聚角蛋白微丝蛋白抗体（AFA）和抗环瓜氨酸肽（CCP）抗体。这组抗体的靶抗原为细胞基质的聚角蛋白微丝蛋白，环瓜氨酸肽是该抗原中主要的成分，因此抗CCP抗体在此抗体谱中对RA的诊断敏感性和特异性高，已在临床中普遍使用。这些抗体有助于RA的早期诊断，尤其是血清RF阴性、临床症状不典型的患者。由于它们的表位都含有瓜氨酸，故称之为瓜氨酸相关自身免疫系统，此系统可能在RA的发病及发展中起作用。