由于临床表现非常复杂，所以给诊断尤其早期诊断带来困难，容易漏诊误诊。临床确诊需要有阳性的病原学或血清学检查结果，而这些特异性检查往往又需时日。所以为了作好诊断，必须结合流行病学特点、早期的临床特征、化验检查的特点三个方面进行综合分析，并与其它疾病鉴别。

在流行区，夏秋季节，对一切具有疑似本病临床表现并在近1～2周内有接触疫水历史的急性传染病患者，应首先考虑本病的可能。在非流行区，亦可因接触鼠类或其它宿主动物的分泌物而发生散在病例，因此在诊断时，应详细了解患者的职业以及接触感染源的一切可能性。

本病的早期呈急性感染表现，其主要特点可概括为：寒热、酸疼、无力、结膜充血、腿疼、淋巴结痛等。寒热多为突起，呈持续性或弛张性高热，伴有畏寒，少数可有寒战。酸疼为全身性并伴剧烈头痛。结膜充血的特点为无分泌物、无疼痛及畏光感觉的充血。腿疼尤其是腓肠肌疼痛及压痛是本病的早期特征，明显的腓肠肌压痛，拒按，甚至不能下床活动症状的出现在诊断上具有重要意义。淋巴结痛，浅层淋巴结尤其腹股沟淋巴结肿痛最为常见。除上述的主要特点外，患者早期还可有呼吸、消化系统的症状以及出血倾向，黄疸可早在发热第三天出现，亦可在体温下降时出现。

化验检查的特点是白细胞轻度增高，中性多形核细胞比例增加并有左移现象，血沉增快。轻度蛋白尿，尿镜检有红、白细胞及管型，多数患者伴有程度不同的氮血症。