鼻咽结核常表现为粘膜溃疡或肉芽肿形成，患者可有鼻塞、流涕、听力减退等，可于病理检查中确诊。口咽及喉咽结核主要有粟粒型或溃疡型两种，粟粒型咽结核常继发于严重的肺结核(如粟粒型肺结核等)有明显的全身中毒症状，咽痛剧烈，可向耳部放射，严重影响吞咽。咽部粘膜苍白，软腭，腭弓或咽后壁等处可见多数散在的粟粒大结节，以后迅速发展为浅表溃疡，边缘不整齐，表面被覆污秽渗出物，溃疡型咽结核好发于腭弓或咽后壁，一处或数处不等，发展较慢，溃疡亦可向深部发展，致软腭穿孔，腭弓或悬雍垂缺损，愈合后遗留疤痕性狭窄或畸形。

腭扁桃体及腺样体结核常无明显症状，属隐性结核，多于病检中发现，可能与饮用未消毒或消毒不严的牛奶有关(牛型结核菌)，扁桃体结核常伴颈部结核性淋巴结炎，腺样体结核合并颈后三角区淋巴结肿大者可能为原发性。