1、先天畸形

一般认为是由于肛管胚胎发育阶段腔化不全，直肠与肛管之间的肛门直肠膜发育失常，出生后此膜穿通不全或未消失，形成肛门直肠狭窄甚至闭锁。出生后肛门闭锁处理不当者，也往往形成狭窄。也有骶尾骨发育畸形而压迫肠腔者。

2、炎症

如溃疡性结直肠炎、克隆病、性病性淋巴肉芽肿、肠结核、慢性痢疾、肛周脓肿、复杂性肛瘘、阿米巴肠病、血吸虫肠病等，均可使肛管直肠结缔组织增生肥厚，形成瘢痕，使肠管失去弹性以致管腔变窄。

3、损伤

临床常见的原因一是手术治疗不当，如内痔粘膜切除过多，外痔皮肤切除过多。如内痔或直肠脱垂硬化剂或坏死剂注射量过大或集中在一个平面，或外痔注射量过多面积过大。陈凯等曾报道一组医源性肛管直肠狭窄，其中因注射疗法而致者竟占46.37%之多。或者用腐蚀性药物如枯痔疗法、“压缩丹”等损伤肛管直肠，或直肠吻合术不当等，均可使 肠管形成瘢痕挛缩而狭窄，这是临床上肛管直肠狭窄的最常见原因;二是意外损伤，如肛门直肠刀伤，最多见的是高处坠落伤，异物损伤等形成的瘢痕狭窄;三是理化损伤，常见的有烧伤、烫伤、强酸、强碱损伤、放疗等。

4、肿物压迫

肛门、肛管、直肠的肿物占据或压迫管腔，如肛管直肠肿瘤、直肠巨大息肉等，以及邻近器官肿物压迫，如阴道、子宫肿瘤、前列腺肿瘤、较大的淋巴瘤、平滑肌瘤、脊索瘤、骶前脊膜突出、骶尾骨前突畸形等都能引起肛管或直肠狭窄。

5、肌肉痉挛

常见的原因有内括约肌痉挛、耻骨直肠肌痉挛、盆底肌群痉挛等引起的功能性肛管直肠狭窄，又称假性狭窄。若耻骨直肠肌肥厚则可致真性狭窄。