瓣膜病狭窄或关闭不全的程度对临床症状影响较大，而左心的瓣膜出现症状的机会较多，右心的多为原发病的症状。轻度或中度的狭窄或关闭不全大部分病人可无任何症状，有的只是在中度上以活动时才出现症状。这与瓣膜病的严重程度直接影响了心脏的血流动力学、从而使心搏出量减少、心功能下降及肺脏、肝脏及全身静脉系统静脉压升高、水肿有关。

心脏瓣膜病在临床上主要症状有三方面：一是由于心搏出量减少造成的无力、疲乏、头晕;二是由于小循环(即肺循环)淤血引起的呼吸困难、气短、咯血或咳血;三是由于大循环(体循环)淤血引起的肝水肿及肝硬化、心包、胸腔、腹腔积水及下肢水肿。

而主动脉病变有其特殊的表现，这是由于主动脉根部有心脏的自身营养血管冠状动脉的开口，主动脉瓣病变时可引起心肌缺血、心绞痛发作。

此外，瓣膜病可以合并心内瓣膜上的血栓形成及赘生物，并可引起动脉系统的栓塞，造成相应器官功能障碍(如脑梗死、心肌梗死、肾梗死等)。如果合并严重心律失常，可引起猝死，合并房颤时加重心功能不全及栓塞的发生。