内科最主要的治疗是抗感染治疗，根据血培养结果选择抗生素，如果没有血培养结果根据经验选择，一般需联合两种或以上的静脉注射杀菌类抗生素，剂量要大、疗程要长，如为金黄色葡萄球菌治疗疗程至少4-6周，万不可提前停药，否则极易复发、耐药。如果出现并发症或合并症，对症进行治疗。

如抗生素治疗有效也没有严重并发症，有手术指征者可择期行瓣膜手术。如果抗生素治疗无效或出现严重并发症应考虑早期手术治疗，如瓣膜病变导致心力衰竭、心肌脓肿、赘生物直径大于10mm或迅速增大、心脏植入物感染性心内膜炎等应考虑尽早手术治疗。需要说明的是，此时急性感染性心内膜炎心肌脓肿常见、心肌水肿严重，心外科手术的难度与风险很高，但如有手术指证而不手术的话风险更高。