未经治疗的急性感染性心内膜炎患者几乎均在4周内死亡，死亡原因多为心力衰竭、肾衰竭、栓塞、细菌性动脉瘤破裂出血和严重感染。经过积极治疗可挽救大部分患者，但仍有相当部分的患者在治疗期间死亡。治愈后约有10%的患者会复发，由于大部分患者存在基础心脏病和心脏损害，即使治愈远期的死亡率也较高

急性感染性心内膜炎极其凶险，应积极预防，特别是有基础心脏病的患者。最主要的预防措施是防治细菌进入血液，养成良好的皮肤、口腔卫生习惯，避免皮肤、口腔的感染，勿挤压青春痘、疖子等。对高危的病人进行手术操作前包括拔牙、插管等或皮肤受伤时应预防性给予抗生素治疗。静脉注射时做好无菌操作，静脉药瘾者戒毒等。