慢性乙肝虽然很难彻底治愈，但如果及时接受正规治疗，患者症状可以得到一定程度的缓解，提高生活质量。患病时间长的患者恢复情况可能较差，可能会出现肝硬化等后遗症，经过积极正规治疗，可提高生活质量，延长寿命。
慢性乙肝的治疗方式包括支持治疗，病因治疗，如抗病毒药物治疗HBV和特异性慢性乙型肝炎抗病毒治疗。慢性乙肝的抗病毒药物以核苷酸类似物为主。如一线抗病毒药物富马酸丙酚替诺福韦片（科菲克）可以强效持续抑制乙肝病毒DNA的复制，延缓病毒对肝脏的损害和疾病的进展，耐药性较低，对骨骼及肾脏的安全性较高。
如病程发展到失代偿期肝硬化期则需要进行肝移植。需要注意的是，在慢性乙型应该避免使用皮质类固醇和免疫抑制剂，因为这些药物增加病毒复制。如果患有慢性乙型肝炎需要用皮质类固醇、免疫抑制、或用于其他疾病的细胞毒性化学疗法治疗，应考虑与抗病毒药物同时应用，以防止急性乙型肝炎的复燃或急性乙肝肝衰竭。