(1)肝脏损害，通常抗菌药物吸收后在肝脏代谢，故肝脏易受抗菌药物损害;(2)肾脏损害：通常药物经肠道吸收，吸收后均以原型或代谢物经肾脏排泄，故肾脏最易受到药物损害。有报道25%的急、慢性肾功能衰竭是由药物引起的;(3)神经系统损害：中枢神经系统、听力、视力、周围神经系统病变以及神经肌肉传导阻滞作用等。氨基糖苷类对听力的损害已引起重视，我国每年新增聋哑儿3万名左右，50%与药物有关，其中华裔氨基糖苷类药物引起损害者高达83%;(4)血液系统损害：各类抗菌药物在长期和大量应用时都可以影响血细胞的生成，致血细胞减少，包括白细胞及粒细胞减少、血小板减少及全血细胞减少即再生障碍性贫血;(5)消化道反应;(6)二重感染或菌群失调;(7)过敏反应，此反应最严重或最常见，为抗原和抗体相互作用而致。