临床上大约98%的血尿是由泌尿系统本身疾病所引起的。可分为肾性血尿和肾后性血尿。肾性血尿分为：①肾小球疾病，如原发性和继发性肾炎。②感染性疾病，如肾盂肾炎、结核病等。③畸形，如囊性和血管性疾病。④肿瘤。⑤缺血性疾病，如栓塞、肾皮质和乳头坏死、动静脉血栓形成。⑥创伤。

肾后性血尿分为：①机械性，如结石、梗阻、反流、foley导管或其他。②炎症性，如膀胱炎、前列腺炎、附睾炎、尿道炎以及输尿管炎。③肿瘤。④妇科疾病。

其他：还有药物、毒物、放射线等引起。

由肾小球疾病导致的血尿主要是由于肾小球基底膜损伤引起的红细胞的漏出。非肾小球性血尿是由于局部血管出血导致。