早期治疗是预防肛肠疾患的关键。虽然手术治疗对肛乳头瘤是根治性的，但要严格掌握其手术时机。要根据其病情不同时期的发展，采用相应的综合治疗方法，早期可采用一些预防性的治疗，对不能手术的病人，在治疗的同时，配合中药灌肠治疗，以提高疗效。在手术当中要注意保护肛管皮肤，尽量减少对肛管皮肤的损伤，避免后遗症的发生。

手术中对较大的乳头瘤，结扎时应贯穿做“8”字缝扎，以防结扎线滑脱并引发大出血，肛乳头瘤位于齿线处，须将其齿线以下部分切开后再行结扎，以免引起术后疼痛、水肿。若出现大出血和疼痛，水肿，应及时给予局麻在窥镜下结扎止血，中药坐浴以止痛消肿。

肥大性肛乳头结扎术，术后一般不再复发。根据蒂部的粗细可采用结扎术或切除术。