舌咽神经痛治疗方法如下：
（1）药物治疗：
原发性舌咽神经痛在明确诊断后应首选药物治疗。凡治疗原发性三叉神经痛的药物也可应用于本病。常用药物有卡马西平片、七叶莲片、巴氯芬片等。
（2）传统中医治疗：如中药、针灸、按摩等。
（3）外周神经阻滞及毁损术：适用于：①药物治疗无效或不能耐受药物不良反应者；②高龄或身体情况差，不能耐受开颅手术者；③合并多发性硬化的病例。目前最常应用经皮穿刺舌咽神经射频热凝术，原理是应用定向穿刺和射频热凝技术破坏位于颈静脉孔处的舌咽神经和迷走神经。具体操作为在患侧口角外2.5厘米处进针，进针过程中用摄颅骨侧位片及颅底片的方法，引导电极针进入颈静脉孔，继用0.1~0.3V的脉冲电流刺激以精确定位，待病人在刺激后出现咽痛、耳痛、咳嗽等，说明已命中神经，接通射频电流，逐渐加温热凝，破坏神经。本手术在热凝破坏神经中感觉纤维的同时，常会破坏运动纤维，术后会引起吞咽困难、饮水呛咳和声音嘶哑，声带麻痹等并发症。故本术不适合于原发性舌咽神经痛，仅适用于已造成声带麻痹的头颈部恶性肿瘤所引起的继发性舌咽神经痛患者。并且疼痛复发率为23%-54%。
（4）神经外科手术：
目前治疗舌咽神经痛的最佳方法应为舌咽迷走神经微血管减压术及舌咽迷走神经根切断术。治愈率高达90%，安全性高，并发症少。
①舌咽神经根显微血管减压术：手术方法是在手术显微镜下将位于舌咽、迷走神经根部走行异常、并对舌咽、迷走神经造成压迫的血管推移离开，并以Teflon棉隔离固定，使血管不再接触到舌咽、迷走神经，从而解除血管压迫，恢复神经的正常功能，使疼痛症状得到缓解。
②颅内舌咽神经根及迷走神经耳支、咽支切断术：自颅后窝入路，在桥小脑角下方显露舌咽神经和迷走神经根丝，切断舌咽神经根丝的同时，进一步切断迷走神经前部的第1，2根丝，这有助于提高手术效果。术后立即止痛者达99%，术后复发率不高，极少数术后复发者可行第二次手术。神经切断术后有同侧1/3味觉丧失，软腭、扁桃体区及舌根部麻木，轻度软腭下垂，短暂性吞咽困难等并发症。
因为切断术后并发症轻微，耐受好，同时为提高临床治愈率，目前临床多同时施行舌咽迷走神经微血管减压术及舌咽迷走神经根切断术的联合术式。