阴茎癌预后与肿瘤的病理级别和淋巴转移密切相关。按病理分级5年存活率为：鳞癌Ⅰ级99.1%，Ⅱ级84.9%，Ⅲ级44.4%。按临床分期5年存活率为：Ⅰ期95.8%， Ⅱ期77.8%, III期47.8%，IV期为0%; 腹股沟淋巴结无转移者5年存活率为86%，有转移者为50%。

阴茎鳞癌的治愈率已由上世纪90年代的50%提升至80%。