一个完整的乙肝病毒颗粒，也叫Dane颗粒，直径只有42纳米，乙肝病毒有外壳和核心两个部分，外壳厚7-8纳米，由脂质双层和蛋白质组成的囊膜。脂质双层内含有S抗原、前S1和前S2抗原，它们一起又构成了外壳上大、中、小三种蛋白形式，统称为乙肝表面抗原(HbsAg)。乙肝病毒的核心颗粒。核心颗粒直径28纳米，呈二十面体立体对称，它的表面才是病毒真正的衣壳，由乙肝病毒的核心抗原 (HBcAg)组成。游离态的核衣壳只能在肝细胞的细胞核内观察到。

Dane颗粒的中心部位就是环状并且有缺口的DNA双链，和依附在上面的DNA聚合酶。乙肝病毒的基因组最引人注目的一个特征就是它非常小，其DNA 分子大约含有约3200个核苷酸，表面抗原和核心抗原都是由Dane颗粒的DNA编码而来。

乙肝病毒有3种不同的形态：大球形颗粒、小球形颗粒和管形颗粒。 乙肝病毒的基因组(DNA)是由两条螺旋的DNA链围成的一个环形结构。且乙肝病毒基因组易形成一个完全环状的双股DNA.。我们把这种DNA 称做共价闭合环状DNA (即cccDNA)，它是病毒复制的原始模板。模板形成后，最后再装配到一起形成新的乙肝病毒DNA颗粒。

这种cccDNA一旦它在肝细胞核内形成，就具有了高度的稳定性，可长期存在于肝细胞内，不但起着" 模板" 作用，而且还像深深扎根在泥土里的野草一样很难完全清除。不论用什么抗病毒药物，不论细胞内的DNA 受到多大的抑制，也不论用药的时间有多久，都很难清除这种cccDNA. 只要肝细胞内有很少量的cccDNA，当停药后，核内的cccDNA又可以再次成为病毒复制的“模型”，继续复制乙肝病毒的DNA，这也是乙肝很难根治的原因